사망 이후, 유일한 혈육인 서모 씨가 자신의 상속분을 두고 카이스트와 소송전을 벌였다. 김영한은 자신의 재산 중 딸 서씨에게 현금과 부동산 등 31억 원 상당의 재산을 남기고 나머지 122억 원은 “우리나라 과학기술 발전에 써 달라”며 카이스트에 기증했다. 이에 서씨가 자신이 받은 상속액이 민법상 규정된 유류분보다 적다며 카이스트를 상대로 2000년 소송을 제기한 것이다.[5] 3년여의 소송 끝에 2003년 카이스트가 서 씨의 유류분을 인정해 44억 원을 지급할 뜻을 밝히고, 서 씨 역시 카이스트 산하 장학재단에 이사로 취임하겠다는 의사를 보여 조정이 성립됐다.
이후 서씨는 조정된 상속분을 모두 어려운 이웃을 쓰기 위해 기부했다. 서씨는 소송 중이었던 2002년 3월에도 어머니로부터 물려받은 공시지가 8억 5,000여만 원의 성북동 임야 480평을 환경운동연합에 기증하기도 했다
세상을 몰랐었던 시절엔 저 에피소드가 미담인 줄 알았으나 그나마 조금 정신 차리고 눈을 떠보니
저 일은 아무런 공덕도 되지 않는 쓸데없는, 오히려 마이너스 일이란 것을 알게 되었습니다.
차라리 국경 없는 의사회나 같은 생명을 구하는 곳에 기부하는 것이 더 낫습니다.
프랜차이즈 기부단체는 조심하시고 말입니다.
